Browar został założony przez dwóch piwowarów domowych – Mikkela Borga Bjergsø i Kristiana Klarupa Kellera. Mikkeller jest browarem „fantomowym” – inaczej: „cygańskim” czy „wędrownym”. Warzy bowiem piwo w obiektach mikrobrowarów z różnych państw, m.in. Danii, Norwegii, Wielkiej Brytanii i Stanach Zjednoczonych. W Kopenhadze mieści się główna siedziba, a zarazem firmowy bar Mikkellera.

Jedną z popularniejszych marek browarów jest Single Hop – seria piw, z których każde powstaje z innej odmiany chmielu.