Waterzooi wywodzi się z kuchni flamandzkiej, a nazwa dania w języku niderlandzkim oznacza „gotować”, „wrzeć”.

Potrawa po raz pierwszy pojawiła się w średniowieczu w stolicy Flandrii – Gandawie – zlokalizowanej w północno-zachodniej części Belgii. Pierwotnie zupa była przyrządzana z ryb, w późniejszym okresie zaczęto stopniowo zastępować je mięsem drobiowym. 

Obecnie waterzooi istnieje w wielu wersjach, m.in. z dodatkiem kurczaka (tzw. Kippenwaterzooi) i rozmaitych warzyw (marchewka, cebula, seler, por, ziemniaki). Najczęściej do zupy dodaje się jednak ryby – węgorze, szczupaki, karpie, okonie lub turboty. Niezmiennymi składnikami potrawy są natomiast żółtko i śmietana.